A mikrobiológiai vizsgálat fontos a húsok és húskészítmények minőségének és biztonságosságának a megállapításában. A szennyezett élelmiszereket károsító pathogen baktériumoktól származnak az élelmiszer-megbetegedések, élelmiszer-mérgezések, toxikoinfekciók. Rendszerint a nem megfelelő kezelés, előkészítés vagy raktározás okozza a károsodást. A jó higiénés munkamenet csökkenti a megbetegedés valószínűségét. Az élelmiszer toxikoinfekciókat okozó leggyakoribb pathogenek a Salmonella, Escherichia coli, Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus. Egyes élelmiszer toxikoinfekciókat exotoxinok hoznak létre, amelyeket a baktérium választ ki. Ezek megbetegedést okozhatnak a mikrobák pusztulása után is, például a Staphylococcus aureus esetében. Más baktériumok endotoxinokat képeznek. Lényeges paraméter az aerob mesophilek száma, amely a hús általános minőségét jelzi. Fontos a húsok és húskészítmények megelőző vizsgálata a feltételezett baktériumok kimutatására és számlálására. Ez mikrobiológiai módszerekkel történik.