A gyomor-bélrendszer bakteriális mikroflórája számos hatást fejt ki az egészségre. A mikroflóra összetételét befolyásolja a táplálkozás, amelyen keresztül az egészség is befolyásolható. A bél mikroflórája számára a legfőbb tápanyagok a nem emészthető szénhidrátok, az enzimatikusan nem lebontott fehérjék, de szubsztrátként szerepel a nyák és a lelökődött bélhámsejtek is. A vastagbélben zajló metabolikus folyamatok számos hatást gyakorolnak az egészségre, például csökkentik a székrekedést, a vastagbéldaganatokat. A gyulladást megelőzik, de megelőzhetők a bakteriális populációk és a metabolitok kölcsönhatása révén a vitaminhiányok, a vesekövek képződése és a szív-érrendszeri betegségek is. A káros metabolikus folyamatok viszont bélgyulladáshoz, béldaganatok kialakulásához vezethetnek. A vastagbél-metabolizmust befolyásolhatjuk probiotikus baktériumokkal - a mai napig főleg a tejsavtermelő baktériumokat tartják fontos probiotikus mikroorganizmusoknak a táplálkozásban és az élelmezésben -, valamint prebiotikumokkal, amelyek emészthetetlen táplálékösszetevők és szelektíven segítik olyan baktériumpopulációk növekedését, amelyek javíthatják a gazdaszervezet egészségi állapotát. A főbb prebiotikumok oligoszacharidok, amelyek a felsőbb bélszakaszokon nem hidrolizálnak és emésztetlenül jutnak a vastagbélbe, ahol kifejtik jótékony hatásukat.