Az SZKP XX. kongresszusa óta megnőtt politikai feszültség az országban, ami a Budapesti Orvostudományi Egyetemen is érezhető volt. Október 16-án újra megalakult a MEFESZ egyetemi szervezete, mely alternatívát jelentett a hivatalos kommunista ifjúsági szervezettel szemben. Az október 23-i diáktüntetésen az orvosegyetemiek is tömegesen vettek részt. Aznap este zajlott le a Petőfi Kör úgynevezett "orvosvitája", melyen az egyetem néhány vezetője is részt vett. A még aznap kirobbanó fegyveres harcba néhány hallgató is beavatkozott, a klinikákon azonnal megindult a sebesültek ellátása. Az egyetemen forradalmi bizottságok és nemzetőri egységek szerveződtek, részben az épületek védelme, részben a külföldi segélyek ideszállítása céljából. Ezek a szervezetek a szovjet csapatok intervenciója után még decemberig tovább működtek. A tömeges emigráció az egyetemet is súlyosan érintette. 1957-ben megindult a visszarendeződés és a kommunista megtorlás. Egy végzős hallgatót, Tóth Ilonát, koncepciós eljárás után kivégezték, több hallgatót bebörtönöztek, mások, köztük néhány tanár ellen az egyetemen folyt fegyelmi eljárás. Mindezen intézkedések célja a megfélemlítés volt. Az újjáalakuló kommunista párt népszerűtlensége jól lemérhető volt abban, hogy a korábbihoz képest elenyésző számban újították meg párttagságukat úgy az oktatók, mint a hallgatók.