A tömegspektrometria nagy érzékenységű, szelektív "high throughput" analitikai technika, amely alkalmas nagy molekula-tömegű, poláros makromolekulák jellemzésére. A módszer a fehérje kutatások egyik legfontosabb analitikai módszere, segítségével a fehérje molekulatömege és elsődleges szerkezete is meghatározható, speciális tandem tömegspektrometriás technikákkal pedig lehetőség van a poszttranszlációs módosulások helyspecifikus analízisére, a molekulák heterogenitásának jellemzésére. Jelen összefoglaló célja, hogy bemutassa a fehérje analitikában használt legfontosabb tömegspektrometria alapú technikákat és készülékeket (ionforrások, speciális analizátorok és fragmentációs technikák, "hibrid" készülékek), valamint a szekvencia meghatározás módszereit ("top-down", "bottom-up", natív fehérje meghatározás). Külön fejezet foglalja össze a kvantitatív fehérje analízis lehetséges módszereit.