A táplálkozás kihat a bélbaktériumokra: elősegíti azoknak a baktériumfajoknak a szaporodását, amelyek képesek metabolizálni a bélben rendelkezésükre álló tápanyagokat. Megfordítva, a bélbaktériumok hozzájárulnak az emésztés optimalizálásához, növelik az energiabevitelt. Döntően a táplálék összetétele határozza meg a bél mikrobiomjának összetételét, működését és diverzitását. Végeredményben a bélmikrobiom optimalizálja a táplálékból való energia- és szubsztráttermelést. Ez jótékony hatású lehet, ha alultápláltság veszélye áll fenn, de káros következményekkel jár túltápláltság és elhízás esetén.