Az MR-vizsgálat mint képalkotó eljárás egyre elterjedtebb a praenatalis diagnosztikában is. A módszert előnyei elsősorban a központi idegrendszeri fejlődési rendellenességek kórismézésében teszik egyre inkább nélkülözhetetlenné. Megbízhatósága - akárcsak az ultrahang-diagnosztikában - jelentősen függ a vizsgáló személy felkészültségétől, amely a központi idegrendszeri anatómia ismeretén túl multidiszciplináris szemléletmódot is igényel. Azon malformatiók esetén, amelyekben a kora terhességi diagnózishoz ismételt vizsgálatok szükségesek (például velőcső-záródási rendellenességek), az ultrahang előnyösebb az MR-technikánál. Az intrauterin fertőzések, illetve a fossa posterior fejlődési rendellenességei esetén ugyanakkor a két képalkotó eljárás kitűnően, egészíti ki egymást. Ugyancsak jelentős az MR-módszer a magzati ventriculomegalia prognózisának felállításában, valamint a magzati idegrendszer ischaemiás állapotainak rövid távú felismerésében. Az ultrahangfelvétel értékelhetőségét nehezítő tényezők (anyai obesitas, oligohydramnion) esetén az MR-technika szerepe jelentősen felértékelődhet a végső kórisme felállításában. Hátránya (egyelőre) nehezebb hozzáférhetősége, az ultrahangnál kisebb költséghatékonysága, valamint a megfelelő felkészültségű szakemberek korlátozott száma.