Az autophagia a sejtek önemésztése, amely szerepet játszik a növekedésben, differenciálódásban és a sejtműködés egyensúlyának fenntartásában, valamint éhezés vagy oxigénhiány esetén elősegíti a sejtek túlélését. Alfa-1-antitripszin-hiányban hozzájárul az endoplazmás reticulumban lerakódott kóros fehérjék lebontásához. A hepatitis B- és C-vírus felhasználja az autophagiát az immunrendszer legyőzésére és a fertőzés fenntartására. Az alkoholfogyasztás csökkenti az autophagiát a májban az 5-adenozin-monofoszfát aktiválta proteinkináz aktivitásának csökkenése, a "mammalian target of rapamycin" hatásának fokozása és az autophagiás vesiculumok mozgásának gátlása révén. Az autophagia nem megfelelő működése hozzájárul a Mallory-testek képződéséhez és a sejthalálhoz. Elhízottakban és nem alkoholos zsírmájban szintén csökken az autophagia a májban, ami hozzájárul a sejtek elzsírosodásához, az endoplazmás reticulum-stressz fokozásához és a májbetegség előrehaladásához. Hepatocellularis carcinomában károsodik az autophagia működése, ami felveti tumorellenes hatását. Az autophagiában szerepet játszó Beclin-1 fehérjének prognosztikai jelentősége van májtumorban. Májbetegségekben az autophagia molekuláris mechanizmusának megismerése és szerepének tisztázása a jövőben új kezelési lehetőséget jelenthet.