Szisztémás lupus erythematosusban az esetek körülbelül 60%-ában észlelhetők idegrendszeri tünetek. Direkt károsodáshoz vezetnek az antitestek, a vasculitis, thrombosis, vérzés és a citokinek közvetítette ártalom. Az indirekt okok közé tartoznak a más szerv károsodásának vagy a kezelések idegrendszeri szövődményei. A patogenezis komplex, autoantitestek közvetítette neuralis diszfunkció, vasculopathia és coagulopathia áll az előtérben. Ez idáig több mint 20 olyan antitestet ismertek fel, amely az idegrendszeri károsodással összefüggésbe hozható. Ezek irányulhatnak a neuron és az astrocyta ellen, illetve elősegíthetik a thrombusképzést az agyi erekben. Patogén tényező az endothelsejtek aktivációja és a vér-agy gát zavara is. Leggyakoribb pszichiátriai szövődmény az organikus pszichoszindróma, különösen a kognitív hanyatlás, valamint a depresszió, a neurológiai manifesztációk közül az epilepszia és az ischaemiás stroke fordul elő elsősorban. Az antifoszfolipid-szindróma patogenezisében a ß2-glikoprotein I-nek van kitüntetett szerepe, az ehhez kötődött antitesttel képzett komplex sejtekkel és hemosztatikus reakciókkal lép interakcióba. Leggyakoribb idegrendszeri manifesztáció a fejfájás és az ischaemiás stroke.