A gyomorsav elválasztásának utolsó lépését - jelen tudásunk szerint - a H+/K+-ATP-áz protonpumpa működése jelenti, ennek gátlásán alapul a savhoz kötött betegségek korunkban leghatékonyabb és költségkímélő gyógykezelése, a protonpumpa-gátlók (PPI: omeprazol, pantoprazol, lansoprazol, rabeprazol, esomeprazol) alkalmazása. A PPI-k legkiterjedtebben és legjobb eredményekkel a gastro-oesophagealis refluxbetegségben és annak szövődményeiben használhatóak, akár diagnosztikus tesztként, akár tartós "step down" módszerrel adva. Egyformán nélkülözhetetlenek a peptikus fekélybetegség modern kezelésében és megelőzésében, valamint a Helicobacter pylori eradikáció kivitelezésének alapgyógyszereként. A funkcionális dyspepsia terápiájában hatásuk nem ennyire meggyőző, csak a savhoz kötött formában bizonyulnak a legjobbnak. Emésztőrendszeri vérzések kezelésében csökkentik az újravérzés és a sebészeti intervenció kockázatának arányát, de nem befolyásolják az általános mortalitást. A tartós nemszteroid-gyulladásgátló gyógyszerelés által, az átlagosnál magasabb rizikójú betegekben okozott emésztőszervi panaszok csökkentésében és a szövődmények kivédésében a PPI védelem önmagában, vagy szelektív COX-2-gátlókkal együtt adva rendkívül hasznosnak bizonyult. Mára az is igazolódott, hogy a PPI-k tartós adása nem jár az onkológiai kockázat fokozódásával. Terhesség és szoptatás során adott PPI-kezelés megítélésére még csak az omeprazol biztonságos alkalmazására van elég meggyőző adatunk.