A transcranialis mágneses ingerlés a corticalis motoneuronok fájdalmatlan aktivációját lehetővé tevő viszonylag új elektrofiziológiai módszer. A klinikai diagnosztikában a transcranialis mágneses ingerlést elsősorban a corticospinalis pálya funkciójának vizsgálatára használják különböző neurológiai betegségekben, és különös jelentőségű a szubklinikus funkciózavar kimutatásában. A cortex mellett mágneses ingerléssel más, az elektromos ingerlés számára nem hozzáférhető struktúrák is vizsgálhatók, ilyen például a nervus facialis csonttal borított, canalicularis része. Egészséges egyének esetében transcranialis mágneses ingerléssel a motoros rendszer excitabilitása monitorozható különböző helyzetekben, illetve izmokban, amely értékes információt nyújt a motoros szabályozás fiziológiájáról. A módszerrel vizsgálhatók továbbá az interhemisphaerialis kapcsolatok és intracorticalis inhibitoros és excitátoros folyamatok, mind egészségesek esetében, mind különböző kórállapotokban. Végül, transcranialis mágneses ingerléssel corticalis "térképek" is készíthetők az izmok reprezentációs területéről, amely jól mutatja a motoros cortex rövid és hosszú távú plaszticitását, illetve reorganizációját agyi károsodást vagy új motoros funkciók megtanulását követően.