Számos megbetegedésben megfigyelhető az immunrendszer károsodása, amelyet vagy maga az alapbetegség okoz (pl. cukorbetegség, alkoholizmus, asplenia, malnutritio) vagy a cytostaticus/immunszuppressziós kezelés következményeként alakul ki. Az immunkárosodás megnyilvánulhat az elégtelen phagocytosisban, a hypogammaglobulinaemiában és a nem tökéletes celluláris immuntevékenységben.  Mindezek oda vezethetnek, hogy ezekben a betegekben a mikroorganizmusok súlyosabb kórképeket idézhetnek elő, mint egészségesekben, vagy a hagyományosan nem patogének disszeminált fertőzéseket képesek előidézni. E betegekben kialakult immunkárosodás jellege meghatározza azt, hogy leggyakrabban milyen fertőzés keletkezhet, illetve vissza lehet következtetni nagy valószínűséggel az etiológiai ágensre is.