Az autoimmun betegségek palettája roppant széles, a viszonylag enyhe formáktól a súlyos, gyakran halálhoz vezető betegségekig terjed. E betegségek terápiája hatalmas fejlődésen ment keresztül az utóbbi tíz évben, kivált az olyan súlyos betegségek terén, mint pl. a rheumatoid arthritis vagy a Crohn-betegség. A legtöbb új megoldással a biológiai terápia, ezen belül is a monoklonális antitestek szolgáltak, de a hagyományos gyógyszerekkel történő kezelés is átíródott. Olyan régi gyógyszerek, mint a ciklofoszfamid vagy az intravénás immunglobulin továbbra is tartják immunterápiás helyüket. A gyulladások és a fájdalom csillapítása is jelentős részét képezi a komplex terápiának. A súlyos autoimmun betegségek kezelésére az őssejt-transzplantáció ajánl újabb terápiás lehetőséget.