A rezisztens mikroorganizmusok a környezetükben jelen lévő, illetve előzetesen elszenvedett antibiotikum-terhelés indikátoraiként szolgálhatnak. Antibiotikumtartalmú agaron, telepszámolásos módszerrel vizsgáltuk az antibiotikum-kezelés bélflórára gyakorolt hatását, az Enterobacteriaceae családba tartozó baktériumokon. Különböző fajokhoz tartozó állatok székletmintáit Brillant-glukóz-epe táplevesben 5, illetve 20 órán át, 37 °C-on tenyésztettük, majd antibiotikumtartalmú táptalajokon telepszámlálást végeztünk, és a rezisztens telepek számát a teljes dúsított telepszámhoz viszonyítva adtuk meg. Egyszeri, Amoxycillinnel való kezelés hatására, kecskében a második napra 42%-ot kitevő, tisztán E. coli-ból álló rezisztens frakció jelent meg, amelynek nagysága egy hónap alatt 0,7%-ra csökkent. Macskában a rezisztens (64 mg/l Amoxicillin jelenlétében növő) telepek részaránya az első napon elérte a 90%-ot, és 0,6%-ra csökkent a 28. napon levett mintában. Kutyák és macskák bélflórájának rezisztens frakcióit, mikrobiológiai vizsgálatra beküldött székletmintákban (n=49) vizsgáltuk. Az amoxicillin (64 mg/l), oxytetracyclin (4 mg/l), ciprofloxacin (2 mg/l) és chloramphenicol (16 mg/l) rezisztens frakció a teljes Enterobacteriaceae szám 1%-ánál tömegesebb volt 31, 29, 5, illetve 6 állatban; meghaladta a 10%-ot 18 esetben az ampicillinnel, illetve 12 esetben oxytetracyclinnel szemben. A beteg, illetve kontroll állatok (n=50) mintáiban a chloramphenicol-, illetve ciprofloxacin-rezisztencia hordozását figyeltük meg, 99 állatból 30, illetve 24 esetben. A Nemzeti Állatorvosi Adatbázis monitoring adatai alapján (10 mikrog ampicillin, korongdiffúziós módszer), az ampicillin-rezisztens E. coli izolátumok aránya beteg állatokban 28%-58,6% között, vágóhídi mintákban 6,4%-25% kőzött van. Az antibiotikum-kezelés hatására a bélflóra a rezisztens mikroorganizmusok nagy tömegének rezervoárjává válik; azok hosszú távú hordozása ugyancsak igazolható. Az antibiotikum-rezisztencia elleni küzdelemben épp ezért kiemelt jelentősége van a megfelelő, hatékony, biológiai szennyvíztisztítás megteremtésének, minden olyan fertőző forrás (állattartó telep, kórház) esetében, ahol antibiotikum-felhasználás történik. A visszafertőződés kontrollja segíthet megőrizni az antibiotikumok hatásosságát éppúgy, mint a normál flóra és a környezeti baktériumközösségek integritását.