Az 1992-es bevezetése óta a funkcionális mágneses rezonancia képalkotó vizsgálati módszer (fMRI) robbanásszerű elterjedése folytán egyre szélesebb körben kerül alkalmazásra az idegrendszer kutatásában, a klinikai kérdések megválaszolásában, illetve a gyógyszerkutatásban. A nagy térbeni és időbeli felbontás a módszert elsősorban a motoros működés, a beszéd, a percepció kutatására teszi alkalmassá. A rohamosan sokasodó vizsgálati eredmények négy területet ölelnek fel: a normál agyi működésért felelős struktúrák pontos meghatározása (ez fontos a minimalisan invazív műtéti technika megtervezéséhez), a kóros funkciókért felelős agyi területek meghatározása (epilepsziás fókusz kimutatása), az idegrendszer reparatív folyamatainak, az agyi plaszticitásnak a kutatása és végezetül gyógyszerhatás, terápiás válasz vizsgálata. Az fMRI által nyert információk mennyiségét és minőségét jelentősen lehet növelni más, funkcionális vizsgálatokkal, mint a nagy felbontású EEG, PET, SPECT.