SLE-ben régóta ismerten különböző nukleáris antigének, így a kromatin alkotórészei, a dsDNS, a hisztonfehérjék, a nukleoszóma, valamint a ribonukleoproteinek ellen is képződnek autoantitestek. A patomechanizmusban jelentős target identitása azonban (bár sok jelölt volt) mindmáig kérdéses. Újabb vizsgálatok azt valószínűsítik, hogy SLE-ben a glomerulus bazális membránjában (és az epidermalis bazális membránban, valamint a mesangialis mátrixban is) található elektrodenz immunkomplexben azonosított nukleoszomális antigének szerepe lehet jelentős.