A Központ az ÁNTSZ országos intézete. Az Országos Epidemiológiai Központ (OEK) tevékenysége állami feladatként az Alapító Okiratában foglaltak megvalósítása érdekében az ország járványügyi biztonságának felügyeletére irányul. Ez komplex módon a fertőző betegségek, az egészségügyi ellátással összefüggő fertőzések, és a mikrobiológiai szakma felügyelete, valamint az immunbiológiai készítmények ellenőrzése révén valósult meg. Az OEK folyamatos kapcsolatban áll a nemzetközi szervezetekkel, az EU szakmai központjaival, és az ÁNTSZ területi intézetekkel. Információs rendszereket működtet, elemzéseket végez, ajánlásokat ad ki, járványügyi stratégiai döntés előkészítői, szakértői tevékenységet végez. Részt vesz a szakmai jogszabályok előkészítési folyamataiban, a területi események kivizsgálásában, javaslatot tesz rendkívüli események kapcsán a veszélyhelyzetre való felkészülésre, ill. szakértelmével, operatívan közreműködik szokatlan vagy súlyos események leküzdésében. Az Európai Betegségmegelőzési és Járványvédelmi Központ (European Centre for Disease Prevention and Control, ECDC) hazai partnerintézménye "competent body", az Európai Közösségi Járványügyi Felügyeleti Hálózat tagja. A vakcinológia/ oltóanyagellenőrzés tekintetében az European Medicines Agency (EMEA) hazai kapcsolattartója és egyben a WHO által elfogadott nemzeti kontroll laboratórium az European Official Medical Control Laboratories (OMCL). A Nemzeti Kábítószer Adatgyűjtő és Kapcsolattartó Központ (Nemzeti Drog Fókuszpont) az European Monitoring Centre for Drugs and Drug Addiction (EMCDDA) tagja. A Központ tagja a Közegészségügyi-járványügyi Intézetek Nemzetközi Szövetségének, International Association of National Public Health Institutes (IANPHI).