A molekuláris diagnosztikai módszerek bevezetése a ivóvíz minősítés és higiéne, valamit a víziközművek HACCP rendszereibe integrálása terén a közeljövőben nagy áttörés várható. Ennek alapját az alkalmazható módszerek kiforrottsága, a jelenlegi módszerek viszonylagos avultsága, a felgyorsult szabványosítási folyamatok, és végül de nem utolsósorban az ezek mögött meghúzódó piaci törekvések képzik. A teljesség igénye nélkül felvonultatott molekuláris diagnosztikai módszerek közül egyesek, mint pl. a Real-Time PCR-en alapuló módszerek és in-situ hibridizáció más most bevezethetőek, míg mások, példának okáért a DGGE mint mindennapi rutin vizsgálatok jelenleg nehezen képzelhetőek el. Mindazonáltal ez utóbbi jól alkalmazható a víziközművek kitermelési pontjainak, valamint vízelosztó hálózatának esetenkénti állapotfelmérésére, különös tekintettel a biofilmekre. Kétségtelen, tény hogy a klasszikus mikrobiológián alapuló vizsgálatokhoz képest a molekuláris kimutatási módszerek jelentősebb költséghányaddal járnak, és az eredmények nem, vagy csak nehezen kvantifikálhatók Ennek ellenére az eredmények megbízhatósága és gyorsasága mindenképpen mellettük szól. Ez az előny elsősorban a gyors reagálást igénylő veszélyhelyzetek feltárásában és nyomon követéséhen kamatoztatható, így jól kiegészítheti a jelenlegi bevett módszereket.