A mikroorganizmusok széles köre képes a magzatot fertőzni. A vírusok közül kiemelkednek a humán cytomegalovírus, a herpes simplex (HSV), a humán immundeficientia vírus (HIV), a varicella, herpes zoster, a rubeola, a parvovírus B19, a kanyaró-, a hepatitis B- és C-vírusok. Jelentős még a Toxoplasma gondii és a Spirochaeta pallida, amely a veleszületett syphilist idézi elő. Méhen belüli bakteriális fertőződést okoz: a Listeria monocytogenes, Mycobacterium tuberculosis és a Streptococcusok B csoportja. A patogén gombák közé tartozik a candida albicans. A fertőző mikroorganizmusok a magzatot a lepényen vagy a szülőcsatornán keresztül, ascendálva érhetik el. Az említett kórokozók a magzat egészségét és életét fenyegetik biológiai károsítással, vetélés vagy koraszülés előidézésével. A különböző fertőzések klinikai manifesztációi leggyakrabban a retardált növekedés, központi idegrendszeri károsodás, bőrelváltozások. A kezelési módok különbözők, de általában korlátozott értékűek méhen belüli fertőzések fennállásakor.