Az eEgészség Program 2003-ban indult, az Egészségügyi, Szociális és Családügyi Minisztérium (ESZCSM) Információpolitikai Főosztálya vezetésével, célja a Kormány által 2003 decemberében elfogadott Magyar Információs Társadalom Stratégia (MITS) részeként az egészségügyi és szociális ágazati információs stratégia (MITSESZ) megvalósítása az Informatikai és Hírközlési Minisztérium (IHM) ajánlásaival. A program 2003-tól 2006-ig tart (a MITS fejlesztési területei között kiemelt jelentőségű), az egészségügyi ágazatot információtechnológiai eszközökkel és módszerekkel támogatja, fejleszti. Az ESZCSM közigazgatási államtitkára a program megvalósításának feladatát és az ehhez szükséges forrásokat 2003 második felében a területért felelős Egészségügyi Stratégiai Kutatóintézetre (akkor még Medinfo) bízta. Az ESKI a feladat végrehajtására nyílt pályázatban 2003 decemberében kiválasztott szakértőkből hozta létre a bonyolításért felelős eEgészség Programirodát (www.e-egeszseg.hu), melynek feladata a pályázatok kiírása, a projektek végrehajtásának irányítása, felügyelete és értékelése, valamint a projektek koherenciájának biztosítása, a tapasztalatok összegzése és hasznosítása.