A klinikai mycobacteriológia alapvető szerepet játszik a tuberkulózis és a nem tuberkulózist okozó mycobacteriumok (NTM) okozta fertőzések és megbetegedések elleni hatékony védekezésben, hiszen a definitív klinikai diagnózis felállításához nélkülözhetetlen feltétel a kórokozó baktérium izolálása és identifikálása. A mycobacteriológiai vizsgálatok elengedhetetlen információkat szolgáltatnak az antituberkulotikus kezelés összetételének meghatározásához mind érzékeny, mind rezisztens kórokozó okozta megbetegedésben, valamint a kezelés hatásosságának monitorozásához is, részben a kórokozó kimutathatóságával, részben az izolálást követő rezisztenciavizsgálatok eredményeivel