A normális bélflóra, mint természetes antigének sokasága fontos szerepet játszik a bél immunrendszerének érésében, elsősorban az orális tolerancia kialakulásában. Újabban derült ki, hogy a helper sejtek között megkulonboztethetok citokin mintázatuk alapján Th3 és T regulátor 1 (Tr1) sejtek is. A normális bélflóra csökkenti a gyulladásos mediátorok (TNF-a, eosinofil kationos protein) szekréciójának mértékét és segíti a bél mucosa-barrier normális működését azáltal, hogy normalizálja az intestinalis permeabilitást. Igen fontos az a megfigyelés, hogy a normális baktériumflóra fokozza a mucosalis iga választ is. A bélflóra minőségi változásának következtében csökken a patogén kórokozókkal szembeni kolonizációs rezisztencia. A mikroflóra normális összetétele meg-akadályozza a patogén mikrobák elszaporodását. Ennek a pontos mechanizmusa azonban nem ismert. Probiotikumoknak olyan mikroorganizmusokat nevezünk, amelyek megfelelő dózisban alkalmazva képesek kedvező hatást gyakorolni a szervezetre. Bizonyított, hogy egyes probiotikumok képesek a regulator T-sejtek indukciójára és a bélnyálkahártya gén expressziós profiljának a befolyásolására. Az utóbbi években egyre inkább nyilvánvalóvá vált, hogy a probiotikumonak számos kórképben kedvező terápiás hatása lehet gyermekkorban is. A hatásosság a probiotikus törzstől és az alkalmazott dózistól függ. A különböző vizsgálatok eredményei alapján a következő probiotikumokról bizonyított, hogy terápiásan jól alkalmazhatóak.