Az atípusos kórokozók közül felső és alsó légúti infekciók esetén a leggyakrabban a Chlamydia pneumoniae, a Mycoplasma pneumoniae és a Legionella pneumophila fordul elő. Ezeknek a pathogéneknek a kimutatása nehézségekkel jár, kóroki szerepüket legtöbbször utólag, szerológiai módszerekkel tudjuk bizonyítani. Többnyire az otthon szerzett pneumoniák eseteiben lehetnek a betegség okai, de a krónikus hörghurut heveny exacerbációja és az asztmás roham kiváltásában is szerepük lehet. Bár pneumonia esetében a pathogénre utaló egyértelmű klinikai jel nincs, bizonyos körülmények esetén tanácsos az atípusos pathogénekre is ható antibiotikumot választani. Ilyen esetekben a béta lactám antibiotikumok hatástalanok; makrolidek vagy légúti fluorokinolonok vagy (ritkán) doxycyclin adása javasolt.