A Hőgyes Endre emlékérmet az Egészségügyi Tudományos Tanács elnöke, dr. Sós József, és titkára dr. Alföldy Zoltán alapította 1961-ben. Az emlékérmet az Egészségügyi Tudományos Tanács elnökségének javaslatára az emberi erőforrások minisztere adja át minden évben Hőgyes Endre születése (1847. november 30.) évfordulójának alkalmából. A kiemelkedő orvos-szakmai életmű - különös tekintettel az orvostudományi kutatásban végzett jelentős tevékenység, illetve eredmény - elismeréseként a Hőgyes Endre emlékérmet az egészségügyi ágazatban adományozható egyik legfontosabb díjként tartják számon.