Az antibiotikumok alkalmazása kétélű fegyver. Az antimikrobiális hatás mellett nem kívánatos hatások is köthetők a baktériumellenes kezelésekhez, így pl. az antibiotikum-alkalmazással összefüggő hasmenés. Tudni kell, hogy vannak lehetőségek, amelyek csökkentik az esélyét annak, hogy az antimikrobiális gyógyszeres kezelés hasmenéssel járjon.