Az alvás biztosítja a nappali agyi plaszticitás által igénybe vett szinaptikus rekalibrációt, cirkadián környezeti tényezőkhöz igazína. A cirkadián ritmust irányító oszcilláció legáltalánosabb környezeti szignálja a fényviszonyok változása. Az alvás cirkadián ritmuson belüli időzítését a melatonin szabályozza, melynek szekréciója sötétségfüggő. Lokális cirkadián szabályozók meghatározó jelentőségűek az anyagcserében, amit igazolnak a cirkadián zavarokhoz társuló anyagcsere-betegségek. A cirkadián ritmus zavarai megnyilvánulhatnak intrinsic és extrinsic formákban. Ez utóbbiak jó példája az időzóna-váltás és a többműszakos munkavégzés. A cirkadián zavarok bázisterápiáját a fény- és melatoninterápia jelenti. A melatonin hatékony lehet többek között alvási apnoe, hiperszomnia és paraszomnia esetén is.