Felnőttkorban a bélmikrobiom összetétele, csíraszáma stabilnak tartható, mégis érzékenyen reagál a különböző környezeti behatásokra. A bélflóra egyensúlyának felborulása, az ún. diszbiózis következtében a bélflóra diverzitása és az élettanilag hasznos mikroorganizmusok száma lecsökken, a potenciálisan káros mikroorganizmusok túlszaporodhatnak (pl. Clostridioides difficile törzsek). A toxinok okozta fokozott folyadékszekréció, az epithelsejteket összekötő struktúrák (tigh junctionök) destrukciója, a diszacharidáz enzim másodlagos hiánya, a rövid szénláncú zsírsav (short chain fatty acid, SCFA) csökkent termelése, a bélflóra diverzitásának csökkenése egyaránt az epithelialis barrierfunkció károsodását reprezentálják. Az intesztinális diszbiózis klinikailag leggyakrabban hasmenés formájában jelenik meg.