A mikrobiom az emberi testben élő kommenzalista, szimbionta és pathogén mikroorganizmusok (eukariótdk, baktériumok, archedk, vírusok és gombák) alkotta ökológiai hálózat, amelyek velünk, bennünk élnek, táplálnak, védenek, folyamatos kölcsönhatásban vannak egymással és a gazdaszervezettel, valamint próbálják megőrizni az emberi test egészségét. Az emberi mikrobiom mintegy 1013 mikroorganizmus sejtjéből áll, az aránya a mikrobáknak az emberi sejtekhez viszonyítva 10 az 1-hez. A beteg egyének megváltozott mikrobióta összetételéhez kapcsolódva (dysbacteriosis, dysbiosis) számtalan társított betegséget fedeztek fel, mint például az újszülöttkori necrotizáló enterocolitis, gyulladásos bélbetegségek, vastagbél tumor és allergiás megbetegedések. Igy az emberi mikrobiom tanulmányozása nagyon fontos feladat, melyet a Humán Mikrobiom Project vállalt magára. A kezdetleges tenyésztéseken alapuló identifikálás után megjelentek az új genomikai eljárások, a 16S rRNS identifikálás, majd a teljes genom szekvendlds. Ezen eljárások jelentősen elősegítették mikrobiomunk azonosítását és betöltött szerepének megértését.