A felső légúti bakteriális infekciók kezelése szinte mindig empirikus antibakteriális terápiával indul. A megfelelő választáshoz ismerni kell a főbb kórképek lehetséges és legvalószínűbb kórokozóit, az aktuális rezisztenciaviszonyokat, valamint az egyes antibiotikumok farmakokinetikai és farmakodinámiás tulajdonságait. Nők esetében további szempont, hogy az antibiotikum várhatóan minél kevésbé legyen hatással a hüvelyi Lactobacillus-flórára. Az antibiotikum-terápia a hüvelyi dysbiosis első számú rizikófaktora, egyesek különösen hajlamosak rá. Ilyenkor a Candida gombák túlnövekedése vulvovaginitist okozhat, meglehetősen kellemetlen tünetekkel.