Ahhoz képest, hogy elfogadjuk a mikrobiom szerteágazó befolyását az életünk legalapvetőbb területeire, meglepően könnyelműen nyúlunk az e folyamatok befolyásolását célzó terápiákhoz. A bélflóra patológiai szerepe leginkább az antibiotikumkezeléshez társuló Clostridioides difficile fertőzésekben igazolódott. Elméleti megfontolásunk szerint a súlyos C. difficile fertőzések leghatékonyabb megelőzési módja az autológ székletátültetés lenne. A probiotikumok akár súlyos mellékhatásokat is okozhatnak, késleltethetik a saját bélflóra visszatelepülését antibiotikumkezelés után.