Az éjszakai reflux kiemelt figyelmet érdemel: az alvás megzavarásával rontja az életminőséget; gyakoribbak az extraoesophagealis manifesztációk (különösen a légútiak); patogenetikai szerepe lehet alvási apnoéban; a nappali refluxnál makacsabb; és mivel a sav-expozíció hosszabb ideig tart, nagyobb a kockázata a nyelőcső erosiv károsodásának. Felléphet éjszakai saváttörés kapcsán, naponta kétszer szedett protonpumpagátló (PPI) kezelés mellett. Az ajánlások szerint a reflux-betegség alapgyógyszerei a PPI-k, de éjszakai saváttörés ellen lefekvés előtti ("bed time") H2-receptor-antagonista (H2RA) kiegészítés ajánlott.