Az antikoagulálás elterjedése a neurológiai betegek kezelésében is jelentős változást eredményezett. Az agyi vénás és sinustrombózisokban az elsődleges kezelést a parenteralis antikuaguláció jelenti, amely tartós K-vitamin-antagonista adásával folytatódik. A kezelés időtartamát a trombózist okozó alapbetegség határozza meg. Kardiogén stroke-ban a tartós orális antikoagulálást a stroke szekunder prevenciója érdekében állítjuk be. A nem billentyű-eredetű pitvarfibrilláció okozta stroke-ban a K-vitamin-antagonisták mellett az új típusú orális antikoagulánsok is kedvező hatásossági és biztonságossági profillal rendelkeznek. A súlyos alsó végtagi paresis vagy tetraparesis elsősorban a vénás stasis miatt magas rizikót jelent a mélyvénás trombózis kialakulására, tehát ezeknél a betegeknél is gondoskodni kell a megfelelő profilaxisról.