Az újszülöttek és kisgyermekek immunrendszerének éréséhez különböző baktériumok és más környezeti antigének jelentősen hozzájárulnak. Ebből a szempontból nagy jelentősége van a bél baktérium flórájának, amit mikrobiomnak is nevezünk. Antibiotikum adása lecsökkenti a bélben élő hasznos baktériumok számát is, nemcsak a kórokozókat pusztítja. Ezért is különösen meggondolandó a korai életkorban az antibiotikum adása. Csecsemő- és kisdedkorban a légúti fertőzések közel 85%-a, a gastrointestinalis fertőzéseknek szintén legnagyobb része víruseredetű, ezekre amúgy sem hatnak az antibiotikumok. A bélflóra kipusztulása hátráltatja az immunrendszer fejlődését. Jól megválasztott probiotikum adásával visszatelepíthetjük a normális bélflórát.