A tápcsatornai mikroflóra, újabb nevén a mikrobiom, vírusok, baktériumok és más prokarióták, valamint eukarióta mikrobák együttese. Az egészségben és betegségben betöltött komplex szerepéről egyre több adat lát napvilágot. A gazdaszervezet és mikrobák közötti interakciók vizsgálata intenzív kutatási célponttá vált az utóbbi években, mind gasztroenterológiai, mind más szervrendszerek betegségeiben.