Cystás fibrosisban szenvedő betegekben számos hajlamosító tényező (pl. hőmérséklet, nedvesség, pH, tápanyagok, dyscriniás váladék, tartós antibiotikum-kezelés) optimális körülményt teremt a gombák megtápadásához, fennmaradásához. A gombák közül az opportunista Candida albicans, amely egyben a normál bélflóra tagja, jelentheti a legnagyobb veszélyt a betegek számára. Invazív fertőzést okozva jelentősen növeli a mortalitást. Bonyolult sejt-sejt interakciókat tártak eddig fel a gombák között, amelyekhez számos szignálmolekulára, kifinomult érzékelő és szabályozó rendszerekre van szükség. A mikroba szempontjából mindig az a cél, hogy a mikroorganizmusok élettere megmaradjon, ami adott esetben a gazdaszervezet pusztulását is jelentheti. A fonalas gombák pl. az Aspergillus fajok is veszélyt jelenthetnek a CF-esekre, a betegségek széles spektrumát okozva. A mikroorganizmusok és a gazdaszervezet között kialakult mechanizmusok még nem teljesen ismertek. A gombák több százmillió év alatt kidolgozott válaszreakciói biztosítják a fennmaradásukat. Olyan molekulák termelésére (farnezol, tiazolidindion-8) képesek, amelyek hasznosak lehetnek az ellenük való védekezésben. Így ezek megismerése elengedhetetlen az ellenük vívott harcban.