Az étkezést követően megjelenő panaszok, tünetek kivizsgálásában jelentős szerepet játszanak laboratóriumi vizsgálatok is. Fontos az ételallergia kizárása, illetve az ételallergia-tesztpozitivitása esetén az allergének további elkülönítése. Ennek új diagnosztikai lehetősége az ételallergiák komponenseinek, molekuláris összetevőinek vizsgálata. Gyakran okoznak emésztőrendszeri panaszt a cukrok (laktóz, fruktóz) bakteriális bontásával összefüggő enzimeltérések. A táplálékintoleranciák csoportjába tartoznak a glutén okozta betegségek, ahol a glutén okozta allergiát, coeliakiát és a nem allergiás, nem autoimmun kórképet is vizsgálni kell. A hisztamin okozta intolerancia vizsgálható a széklet hisztamintartalmának és a hisztamintbontó deaminoxidáz (DAO) enzimnek a mérésével is.