Az elmúlt évtizedekben a gyulladásos bélbetegségek kezelése, prognózisa jelentősen változott. A kezelésben a legfontosabb változás az anti-TNF-szerek elterjedése. Új terápiás célként került megfogalmazásra a betegség természetének a megváltoztatása. Az immunszupresszív szerek hatékonysága igazolt a remisszió fenntartásában mint colitis ulcerosában, mind Crohn-betegségben, de hatékony a posztoperatív kiújulás csökkentésében és a fistulák gyógyításában is. Újabb adatok szerint a thiopurinok korábbi adása Crohn-betegségben segíthet a súlyosabb szövődmények megelőzésében. Számos kérdés azomban még nem pontosan tisztázott, így például az alkalmazás pontos ideje, egyéb gyógyszerekkel történő együttadás, a mellékhatások kockázata.