Cystás fibrosis esetén a Pseudomonas aeruginosa a legfontosabb pathogen kórokozó, ami progresszív tüdőkárosodást és rövidebb várható élettartamot okoz. Bizonyított, hogy korai P. aeruginosa kolonizáció erőteljes kezelése magas eradikációs arányt biztosít, és az alsó légutak hosszú időre mentesek maradnak a kórokozótól. A tartós antibiotikum inhaláció eredményes a krónikus gyulladás kezelésében, a tüdőfunkció fenntartásában. A tüdőtranszplantált betegek magas számban kolonizálódnak Pseudomonas aeruginosával, ami alsó légúti fertőzést okozhat, amit a betegek gondozása során figyelembe kell venni.