Az elmúlt évszázadban a mikrobák azonosítása a klinikai mintákból elsősorban morfológiai, növekedési és biokémiai tulajdonságokon alapult. Ezeknek a hagyományos, tenyésztéses és szerológiai vizsgálatoknak az eredményességét korlátozhatja egyrészt a mintában jelen lévő mikroorganizmusok száma, másrészt az eljárások időigényes volta. Gondot okozhat egy mintában több, különböző tápigényű és számú mikroorganizmus jelenléte, a nehezen tenyészthető, speciális táptalajt igénylő és ritkán előforduló kórokozók kitenyésztése is. Megnőtt az igény a mikrobák gyors és hatékony azonosítására, és erre a molekuláris biológia az elmúlt 10 évben új utat nyitott.