A protonpumpa-gátlók (PPI-k) a savfüggő betegségek rendkívül hatékony kezelését jelentik, jól tolerálhatók, rövid távú mellékhatásaik csekélyek, jelenleg világszerte a leggyakrabban felírt gyógyszerkészítmények közé tartoznak. Éppen a nagyon gyakori és tartós szedése miatt merültek fel kétségek a hosszú távú szedés potenciális mellékhatásai vonatkozásában. Ma az egyik legjelentősebb veszély a szer túlzott, indokolatlan, vagy nem kellően megfontolt alkalmazása (overutilisation). A savszekréció gátlás okozta hypochlorhydria elősegíti a gasztrointesztinális traktus bakteriális kolonizációját, ami különböző fertőzések kockázatát növelheti. Ma a területen szerzett pneumónia és egyes enterális infekciók, főként a Clostridium (C.) difficile fertőzés szempontjából jelent veszélyt a PPI szedés. A másik fontos terület a PPI-k esetleges gasztrointesztinális tumor kockázatot növelő hatása. Az erőteljes szekréciógátlás hypergastrinaemiával jár, emellett Helicobacter (H.) pylorival fertőzöttekben elősegíti atrófiás gastritis kialakulását, ami precancerosus állapot. Ugyanakkor ma nincs olyan bizonyító adat, amely szerint a PPI-k növelnék a gyomorrák, vagy egyéb gasztrointesztinális tumor kockázatát.