A gyökérkezelés sikerességének egyik legfontosabb záloga a patogén mikroorganizmusok eliminálása a gyökércsatornából, és ezek újbóli, szájüreg felőli behatolásának megakadályozása. Ezt a célt a mind apikálisan, mind koronálisan falálló gyökértöméssel érhetjük el, függetlenül a kiindulási helyzettől, illetve a korábbi kezelésektől, az élő pulpa exstirpációjától a periapikális osteitisszel járó fertőzött nekrózisig.