A császármetszések száma az utóbbi évtizedekben folyamatos emelkedést mutat. Számos vizsgálat igazolta, hogy a császármetszéssel született csecsemők morbiditása magasabb a hagyományos szülési módhoz képest. Ennek hátterében a kóros kolonizációs folyamat áll. Hagyományos szülés során az újszülött keresztülhalad az anya hüvelyén, így először a hüvely, majd a perianalis táj baktériumflórájával kolonizálódik. Ezzel ellentétben a császármetszéssel születetteknél ez a momentum hiányzik, így az első találkozás a kórházi környezet nem túl barátságos baktérium flórájával fog megtörténni. A késői kolonizáció eredményeképpen az első hónapban alacsonyabb lesz a bélbaktériumok száma, Bifidobaktériumok helyett nagyobb lesz a Clostridiumok előfordulása. Még 6 hónappal szülés után kimutatható különbség a baktériumflóra összetételében a császármetszéssel születettek és hagyományos úton születettek között. Az intesztinális mikroflóra alapvető szerepet játszik az immunrendszer érésében, azaz a nem fiziológiás összetételű bélflóra esetén megnő a kóros immunválasz kialakulásának kockázata, így megnő az allergiás betegségek, a fertőzések és autoimmun kórképek (diabetes, coeliakia) fellépésének kockázata. Ezért rendkívüli fontosságú, hogy a császármetszéssel született csecsemők anyatejes táplálásban részesüljenek, ennek hiányában probiotikum adásával lehet biztosítani a normál bélflóra kialakulását, ami hosszútávú protektív hatással bír.