Az intestinalis alkalikus foszfatáz enzim alapvető fontosságú a bélnyálkahártya épségének fenntartásában, mivel detoxifikálni képes a lipopoliszacharidot, amely a Toll-like receptor-4 ligandja. A helytelen immunválasz, valamint a mucosalis barrier sérülése hozzájárulhat a gyulladásos bélbetegség és a coeliakia kialakulásához. Gyulladásos bélbetegségben szenvedő gyermekek gyulladt vastagbél- és újonnan diagnosztizált coeliakiás gyermekek duodenum-nyálkahártyájában a csökkent intestinalis alkalikus foszfatáz és a Toll-like receptor-4 fehérjeexpresszió emelkedése következményesen fokozott lipopoliszacharid-aktivitással járhat, amely a szövetkárosító folyamatokat erősítheti. Az intestinalis alkalikus foszfatáz aktivitásának elősegítése colitises állatmodellben és terápiarezisztens colitis ulcerosás felnőtt betegekben csökkentette a bélgyulladás tüneteit. Ennek megfelelően a két vizsgált kórképben az enzim célzott intestinalis bejuttatása kiegészítő terápiás konzekvenciával is járhat a jövőben.