1997-ben egy encephalitissel járó fertőzés ütötte fel a fejét Malajzia Perak régiójában. A betegek főleg sertéstelepeken dolgozó munkások voltak. Az orvosok kezdetben a területen endémiás Japán B encephalitis vírusa által okozott megbetegedésnek tartották, annak ellenére, hogy néhány klinikai jellemző ennek ellene szólt. 1998-ban, majd 1999-ben ismét rejtélyes encephalitis járvány zajlott a régióban, majd hasonló eseteket írtak le Szingapúrban, vágóhídi munkások körében. Kutatók kiderítették, hogy egy új, eddig ismeretlen kórokozó szedi áldozatait. A vírust az első megbetegedés helye után Nipah vírusnak nevezték el. Kiderült, hogy az emberek a sertések révén fertőződtek meg. Kiterjedt vizsgálatok során a vírus rezervoárjaként Dél- Kelet Ázsiában honos denevér fajokat azonosítottak.