A bélnyálkahártya és a béllumenben található baktériumok és nutriensek között szoros kapcsolat, ún. crosstalk figyelhető meg. A mikroflóra befolyásolja a mucosalis immunrendszer működését. A bifidus és lactobacillus flóra dominanciája elősegíti az orális tolerancia kialakulását és az allergiás kórképek megelőzését. A bélflóra kedvező összetételének biztosításában nagy jelentősége van az anyatej oligoszacharidjainak, amelyek a kedvező hatású bélbaktériumok túlsúlyát segítik elő. Anyatej hiányában a prebiotikummal dúsított tápszerekkel érhetünk el hasonló hatást.