Off-Target hatások számítása / Munkácsy Györgyi, Győrffy Balázs
Bibliogr.: p. 87. - Abstr. hun.,eng.
In: Magyar Belorvosi Archivum. - ISSN 0133-5464. - 2017. 70. évf. 2. sz., p. 84-87. : ill.
Az RNS-interferenciával történő gén csendesítést, gyógyszeres kezelést és gének felülexpresszióját okozó vizsgálatokat úgy tervezzük, hogy egy adott génen érjünk el expressziós változást. Mint a legtöbb biológiai folyamat azonban, ezek a kezelések nem csak célspecifikus, hanem ún. off-target (más néven mellék-) hatásokat is eredményeznek. A vizsgálat célja egy olyan adatbázis felépítése, amellyel megmondható, hogy egy adott gén expressziójára mely kezelések fognak hatni. Az NCBI GEO adatbázisból kigyűjtötték azokat a 2005-2015 közötti Affymetrix HGU133A, HGU133plus2, HGU133Av2 platformon végzett vizsgálatokat, amelyekben géncsendesítést, gyógyszeres kezelést vagy génbevitelt követően vizsgálták a sejtvonalak génexpressziós mintázatát. A kontroll-kezelt párok összehasonlítását Wilcoxon-teszttel végezték. Az alkalmazás bemutatására keresést végeztek olyan kezelésekre, amelyek egyébként ismert off-target hatások kialakulását eredményezik Ennek során azonosították a tumorprogresszióban szerepet játszó MKI67, HIFIA és ABCB1 gének expresszióváltozását okozó kezeléseket A szerzők létrehoztak egy olyan adatbázist, amellyel azonosíthatók a vizsgálat központjában lévő gén(ek) expresszióváltozását okozó kezelések. Ezáltal az eddigieknél szélesebb paletta nyílik meg a megbetegedésekkel összefüggő jelátviteli folyamatok kulcsgénjeinek azonosítására és befolyásolására.