A gyógyszerkutatás kémiai szempontból egyik legnagyobb kihívása a kutatási program alapjául szolgáló vezérmolekula azonosítása. Kezdetben a vezérmolekula azonosítását javarészt in vivo kísérletek segítségével végezték, ez a megközelítés azonban napjaink üzleti elvárásainak nem tudott megfelelni, így az in vitro tesztek és a racionális megközelítések kerültek a kutatások középpontjába. A virtuális szűrővizsgálatok (virtual screening, VS) költség- és időtakarékos eljárások, amelyek a nagy áteresztőképességű in vitro módszerek sebességét (HTS) a számítógépes molekulatervezés racionális megközelítéseivel ötvözik. A virtuális szűrések ligandum, illetve szerkezet alapú megközelítés alapján dolgoznak. A szerkezet alapú eljárások a célfehérje 3D-s szerkezetének felhasználásával vizsgálják a potenciális ligandum és az aktív helyet alkotó aminosavak között kialakuló kölcsönhatásokat. Munkám során célul tűztem ki a szerkezet alapú virtuális szűrési eljárások megismerését, hátrányainak, előnyeinek feltárását, értelmezését és alkalmazhatóságának vizsgálatát. A vizsgálatokhoz a glikogén szintáz kináz 3ß (GSK-3ß), a ß-szekretáz és a c-Jun N-terminális kináz 3 (JNK-3) fehérjéket választottam ki. A virtuális szűrővizsgálatok teljesítőképessége legjobban a valós szűréssel összevetve mutatható meg, ezért tűztem ki célul egy választott példán a VS és a HTS tételes összehasonlítását.