Az elektronmikroszkópos sorozatképek háromdimenziós rekonstrukciója lényegesen bonyolultabb, mint a klinikai képalkotó eljárásoknál alkalmazott, az egymáshoz rendezett szeletek összekapcsolásával történő térbeli rekonstrukció. A jelen munka egy olyan összetett számítógépes programot, az Optimal Alignment-et mutat be, ami két egymás feletti EM metszet digitális képei közötti precíz illesztéshez megadja a szükséges x-y eltolási és elforgatási értékeket. Az optimális orientációt (eltolást és elfordulást) megkereső művelet négy, egymástól független paraméter beállításával indul. Ezek az illesztési műveletbe bevont képpontok és mérőpozíciók sűrűségét határozzák meg. Egy analóg kezdőpont kijelölése után meg kell adni a keresőmozgás határait. Rövid betanulás során a felhasználó a futási idő függvényében optimalizálja a keresőparaméterek megválasztását. Az összetett algoritmuson alapuló Optimal Alignment(R) elérhető pontossága messze felülmúlja az elektronmikroszkópos sorozatképek számítógépes kézi illesztésével elérhető mértéket. Az eredményül kapott illesztési adatok olyan adatbázisba kerülnek, amely valósághű 3D modellalkotást tesz lehetővé. Az illesztőprogramot (MÜI TP 138) egy mediális előagyi NPY-pozitív axonnak Záborszky L. laboratóriumában elvégzett rekonstrukcióján mutatjuk be (NIH grant NSO33945).