Az Európa Tanács főigazgatóságaként működő, strasszburgi székhelyű EDQM-et 1996-ban hozta létre az Európa Tanács. A szervezet az Európai Gyógyszerkönyvi Bizottság Szakmai Titkárságából fejlődött ki, így egyrészt megtartotta a gyógyszerkönyvvel kapcsolatos feladatait, másrészt fokozatosan számos új területre is kiterjesztette tevékenységét. Napjainkban, szorosan együttműködve az Európai Unió Bizottságával és az Európai Gyógyszerügynökséggel (EMA, European Medicine Agency, korábban EMEA) az EDQM kulcsszerepet játszik az Európai Unióban forgalomban lévő gyógyszerek minőségének kialakításában és fenntartásában, de Európa Tanácsi szervezet lévén tevékenysége az unión kívüli európai országokra, sőt Európán túli területekre is kiterjed.