A genetikai vizsgálatok lehetőségeinek bővülésével, az emberi genom meghatározását követően, testfelszíneinken velünk együtt élő mikrobioták genetikai vizsgálatát, vagyis a mikrobiom meghatározását egyre nagyobb érdeklődéssel végzik. A mikrobiom vizsgálata új tudományágakat indított útjára, amilyen a kvantitatív és a kvalitatív metagenomika, valamint az anyagcseretermékek vizsgálatával foglalkozó metabolomika és metabonomika. Az elmúlt években a figyelem középpontjába kerültek azok az eredmények, amelyek a mikrobioták egészségre és betegségre kifejtett hatásával foglalkoznak. A bélrendszeri mikrobiota meghatározó szerepet játszik az immunrendszer kialakulásában és normál működésének fenntartásában, s a változása különböző betegségek okozója.