A légzőszervi betegségek molekuláris analízisének a köpet értékes forrása lehet, azonban a feldolgozás során számos metodikai probléma merül fel. Munkánkban a köpetből kinyerhető RNS mennyiségének maximalizálását tűztük ki célul a köpet feldolgozás és az RNS izolálás optimalizálásával. A köpetmintákat krónikus obstruktív tüdőbetegségben (COPD) szenvedő betegekből gyűjtöttük és dithiothreitollal (DTT), N-acetil-ciszteinnel vagy RNAlater-rel dolgoztuk fel. Háromféle RNS izoláló módszert teszteltünk. A minta DNS szennyezettségét reverz transzkripció nélküli PCR segítségével, GAPDH és univerzális bakteriális primerekkel ellenőriztük. Az eredmények alapján a köpetek sejtszáma és RNS tartalma nagy variabilitást mutatott. A három feldolgozási módszer közül a DTT eredményezett több RNS-t. Az izoláló kit, a centrifugálási sebesség és hőmérséklet jelentősen befolyásolta a kinyert RNS mennyiségét. Optimalizált köpetfeldolgozással és RNS kivonással 2-3-szor nagyobb mennyiségű RNS volt nyerhető. A minta DNáz kezelése 30-50%-kal csökkentette a nukleinsav tartalmat. A legnagyobb kihívás a szennyező bakteriális DNS tartalom eliminálása volt. A köpetből kinyerhető RNS mennyiségét számos faktor befolyásolja. A bakteriális DNS hatékony eltávolítása jelentős mértékben hozzájárulhat a köpet génexpressziós vizsgálatok sikerességéhez.